A organização da Educação Escolar Indígena no Estado deve atender e proporcionar autonomia didático-pedagógica das escolas, elaboração de normas e projetos pedagógicos próprios para a educação escolar indígena, conforme a Lei nº 22.445 de 22/12/2016, que dispõe sobre a educação escolar indígena no Estado e cria a Categoria Escola Indígena.

Esse serviço tem por objetivo o direito à Educação e, por conseguinte, o cumprimento das Diretrizes Curriculares Nacionais para a Educação Escolar Indígena na Educação Básica. Essa diretriz dispõe sobre a modalidade que tem por objetivo respeitar a organização social das comunidades indígenas, preservando a identidade de forma a garantir a recuperação de suas memórias históricas, a reafirmação de suas identidades étnicas, a valorização de suas línguas e ciências, o acesso às informações, conhecimentos técnicos, científicos e culturais da sociedade nacional e demais sociedades indígenas e não-indígenas.

A inserção da modalidade Educação Indígena no currículo escolar, bem como em toda estruturação do Projeto Político Pedagógico, preconiza o respeito a constituição histórica própria dotada de relações territoriais específicas, a preservação das suas práticas culturais, a corporeidade e os seus costumes.