As modalidades de alternativas penais desenvolvidas pelo Programa são:
 
I – Prestação de Serviços à Comunidade;
II – Projetos Temáticos de Execução de Alternativas Penais por tipo de delito cometido;
III – Ações de Responsabilização de homens processados e julgados no âmbito da Lei Maria da Penha; 
IV – Projetos de acompanhamento de pessoas em cumprimento de Medidas Cautelares Diversa da Prisão; 
V – Projetos e práticas restaurativas.
 
Além da parceria com o Sistema de Justiça, a CEAPA conta com uma rede composta por instituições públicas e privadas nas áreas da saúde, educação, assistência social, geração de renda e inclusão produtiva, que contribuem para o desenvolvimento de ações e projetos em colaboração com o Programa, bem como são parceiros na absorção e acompanhamento do público para cumprimento de alternativas penais e no acolhimento das demandas de proteção social.